V areálu Zeměráje se můžete setkat s několika typy prostředí od mokrých a sušších květnatých luk přes dříve velmi chudou, ale postupně se zvyšující rozmanitost květeny na bývalých polích až po lesní společenstva. Dříve intenzivně zemědělsky obdělávané pozemky byly dotvořeny výsadbou 150 listnatých stromů, z toho 50 starých tradičních ovocných odrůd, a 2 tisíci keřů dvanácti tradičních druhů původně v české krajině typických.
Byliny
Luční porosty tu jsou tvořeny běžnými druhy vlhkých a sušších květnatých luk. Přesto je lze z krajinářského hlediska považovat za poměrně cenné, neboť podobné typy druhově pestřejších lučních společenstev z krajiny díky hnojení již téměř vymizely.
Bohatě vyvinutá je také vodní vegetace v rybnících. Je sice tvořena běžně rozšířeným rdestem kadeřavým, avšak v současné krajině, v níž díky přehnojení a přerybnění většina rybníků porosty vodními rostlinami zcela postrádá, je každá nádrž s těmito společenstvy velmi cenná.
Keře
Běžné druhy keřů jako jsou například trnky, bezy a „špendlíky“ tvoří přirozenou hranici mezi vlhkým potočním údolím a polnostmi. Jsou i hlavní součástí „živého plotu“, který se táhne po obvodu zeměrájských luk, polí a pastvin.
Stromy
Rostou zde především statné duby a borovice, též břízy, smrky a jasany, ale i jiné, pro tyto polohy běžné, dřeviny. Na dně bývalého rybníka (kolem dnešní herny) se vyskytují kromě mokrých luk také olšiny. Lze tu spatřit i jilm horský. Dříve hojné jilmy jsou dnes vzácné, kvůli chorobě zvané grafióza. Způsobuje ji houba, kterou přenáší brouk žijící na jilmech. Z našich tří původních druhů je jilm horský tím nejodolnějším. Zajímavostí jilmů je tvar jejich listů, které jsou viditelně nesouměrné.
Houby
Vzhledem k různorodosti ekosystémů (louky a lesy) se tu vyskytují běžné druhy hub, které si lze prohlédnout ve správnou dobu na procházce po přírodní stezce. Příkladem je bedla vysoká, holubinka doupňáková či pýchavka obecná.